Historie školy se začala psát v roce 1961, kdy na základě nového školského zákona byly v Dačicích zřízeny dvě základní devítileté školy. První u ulici Komenského, kde do té doby sídlila dvanáctiletá střední škola. Namísto této střední školy vznikly dvě školy nové, druhá základní devítiletá škola a střední všeobecně vzdělávací škola, jež nahrazovala tři poslední výběrové ročníky. Obě měly být i nadále spravovány jedním vedením. Zároveň proběhlo stěhování 2. ZDŠ a SVVŠ do nové, moderní dvou pavilonové budovy v ulici Boženy Němcové.

Na nové škole byly pro zvýšení efektivity vyučování zřizovány prakticky pro všechny vyučovací předměty odborné pracovny s novými technickými a audiovizuálními a názornými pomůckami. Současně byl kladen velký důraz na osobní nasazení a tvořivost učitele. Díky tomuto pojetí byla škola v 60. letech známou, ba přímo vzorovou pro školy ostatní.

V 70. letech byl však počet odborných učeben z důvodu zvyšování počtu žáků výrazně zredukován. V roce 1970 započala druhá etapa výstavby školy. O tři roky později byla zahájena výuka v novém pavilonu, do kterého byla umístěna aula školy, školní kuchyně, jídelna a učebny. K tomu se ve školním roce 1974/75 přidaly ještě pavilon se dvěma tělocvičnami, školní hřiště, skleník a včelín.

V průběhu 90. Let postupně prošly rekonstrukcí všechny učebny přírodovědných předmětů a nově byly vybudovány učebny výtvarné výchovy a výpočetní techniky. V roce 1999/2000 proběhla velmi zdařilá rekonstrukce budovy tělocvičny v celkové výši 5 milionů Kč.

27. srpna 2005 se uskutečnilo slavnostní otevření přístavby centrální šatny, ve které je umístěno 750 šatních skříní, nová chodba spojující jednotlivé budovy školy. Zajímavým způsobem je vyřešen vstup do školního areálu, který je velmi dobře zabezpečen z hlediska bezpečnostních předpisů. Stavba stála takřka 16 milionů, byla financována z rozpočtu města Dačice a ze státní dotace. Zrealizovala ji v rekordně krátkém čase tří měsíců Stavba Jemnice s.r.o. podle projektu firmy Delta projekt s.r.o.

Žáci naší školy se svými učiteli se na podnět představitelů města Dačice zúčastnili soutěže „Jak to vidím já“ vyhlášené nadací Duhová energie. V celostátní soutěži bylo jejich úsilí oceněno a získali tak pro město Dačice částku 2 miliony Kč na výstavbu víceúčelového hřiště. 22. září 2005 bylo hřiště slavnostně otevřeno a naši žáci i veřejnost získali víceúčelové hřiště s umělým povrchem.

Pedagogové připravili školní vzdělávací program, podle kterého byla zahájena výuka na naší škole 1. září 2007.

V roce 2007 také proběhla rekonstrukce přístavby pavilonu tělesné výchovy. Byla vyměněna okna, podlahy, zrekonstruováno sociální zařízení, sprchy a šatny a současně proběhla i rekonstrukce sociálního zařízení v celém třetím pavilonu. Celá akce stála 5 500 000,- Kč. Dalším zlepšením podmínek pro výuku žáků bylo zrekonstruování učebny přírodopisu a chemie.

Do roku 2007 spadají i počátky interaktivní výuky na naší škole. Do opravené učebny přírodopisu a chemie a do dvou kmenových tříd na 1. a 2. stupni byly tehdy pořízeny první interaktivní tabule.

O prázdninách v roce 2009 došlo díky přispění zřizovatele školy města Dačice na výměnu všech oken v pavilonu 1. stupně v hodnotě 1 132 000 Kč. Také letní prázdniny následujícího roku 2010 byly opět ve znamení výměny oken, tentokrát ve 2. pavilonu ZŠ.

Rok 2011 byl rokem jubilejním. 18. června 2011 vyvrcholily slavnostním shromážděním a průvodem absolventů oslavy 50. výročí založení naší základní školy. Hned po skončení oslav se začalo s generální opravou učebny fyziky, která stála 543 000,- Kč.

V letech 2011–2013 byla škola zapojena do projektu EU OPVK, ve kterém získala 1 812 000,- Kč. Tyto prostředky byly použity na nákup řady interaktivních tabulí, obnovu počítačového vybavení školy a proškolení pedagogických pracovníků školy. Učitelé zapojení do tohoto projektu vytvořili 780 digitálních učebních materiálů a dokonale si osvojili využívání digitálních technologií ve výuce. V roce 2015 podalo město Dačice jako zadavatel veřejné zakázky Zateplení Základní školy a gymnázia projektovou žádost do Operačního programu životního prostředí, výzva č. 64, prioritní osa 3 – Udržitelné využívání zdrojů energie (FS). Tato žádost byla poskytovatelem dotace schválena a v červenci 2015 byly zahájeny práce na zateplení pavilonu 1. a 2. stupně, gymnázia a školní dílny. Součástí stavebních prací byla i rekonstrukce spojovacích krčků do pavilonu tělocvičen a do pavilonu gymnázia. Realizace této stavby v hodnotě 7 830 000,- bez DPH se ujala firma Jemnická Stavba, a.s.